障害者扶養共済制度の掛け金は小規模企業共済等掛金として扱われ、所得税・住民税の計算において掛金全額が所得控除の対象です。（税額控除ではありません。所得が対象。）
その後、扶養者が亡くなった後に、障がい者本人に支給が始まった場合（年金）、もしくは障がい者本人が先に亡くなった場合に加入者への支払（弔慰金）、いずれについても全額が所得税・住民税ともに非課税となります。ただ、弔慰金の金額はあまり高くはなく、この場面では損してしまう可能性が高いです。
加入者が亡くなった後、障がい者に対しては終身で年金支給されますので、障がい者が長生きすれば、かなり有利な制度です。
